DNA-Sequenzauswahl und ihr Einfluss auf die Hybridisierung auf SPR-Mikroarrays
- Event
- 10. Dresdner Sensor-Symposium 2011
2011-12-05 - 2011-12-07
Dresden - Chapter
- Sensoren für die Medizin II
- Author(s)
- A. Kick - Dresden, M. Mertig - Meinsberg
- Pages
- 359 - 362
- DOI
- 10.5162/10dss2011/17.6
- ISBN
- 978-3942710-53-4
- Price
- free
Abstract
In dieser Arbeit wird auf Grundlage experimenteller Ergebnisse an einem computergenerierten Modellsystem gezeigt, wie DNA-Sequenzen die Detektion von Hybridisierungen auf einem DNAMikroarray beeinflussen. Die Ergebnisse zeigen, dass neben Kreuzhybridisierungen auch Sekundärstrukturen (z. B. Haarnadelstrukturen) vermieden werden. Anderenfalls verringert sich die Empfindlichkeit und Nachweisgrenze des Sensors. Die vorgestellten Untersuchungen beruhen auf dem Messprinzip der Oberflächenplasmonenresonanzspektroskopie (SPR). Es ist eine markierungsfreie Methode. Die Sensorschicht besteht aus einem 50 nm dicken Goldfilm, auf dem einzelsträngige und thiolmodifizierte Sonden-DNA immobilisiert ist. Die Adresssequenzen dieser Sonden werden als Anti-TAGs bezeichnet. Detektiert wird die Hybridisierung von einem Produkt der Polymerase-Kettenreaktion (PCR). Das PCR-Produkt besteht aus einer 300 Basenpaar-langen Doppelhelix mit einem 25 Basen-langen einzelsträngigen Überhang (TAG), der komplementär zu einer Anti-TAG-Sequenz ist (TAG/Anti-TAG-System).